Najważniejsze zadanie dyrektora w kwestii organizacji nauczania indywidualnego to ustalenie prawidłowego tygodniowego harmonogramu zajęć dla ucznia, który otrzymał zgodę na nauczanie indywidualne. Podstawę harmonogramu stanowią zalecenia zawarte w nowym rozporządzeniu Ministra Edukacji Narodowej z 28 sierpnia 2014 r. oraz w orzeczeniu ucznia o potrzebie nauczania indywidualnego.